פרויקט ההשכלה הגבוהה מופנה לסטודנטים ערבים עם מוגבלויות הלומדים במוסדות של השכלה הגבוהה. במסגרתו סטודנטים מקבלים תמיכה וליווי. בנוסף, פרויקט זה שואף לשיתוף פעולה בין סטודנטים עם מוגבלות וסטודנטים מתנדבים במטרה לסייע לסטודנטים עם מוגבלות במהלך הלימודים ובמגוון סוגיות כמו: הגשת בקשות הרשמה, בחירת מסלול לימודים, השתלבות באקדמיה. במסגרת פרויקט ההשכלה הגבוהה, סטודנטים מקבלים הדרכה בבחירת קורסים בנושאים שונים והכנה למקצוע שבחרו. היוזמים של פרויקט זה קרן מסירה בשיתוף של עמותת אלמנרה, האוניברסיטה הפתוחה ו"מעגלי שמע".
במסגרת פרויקט ההשכלה הגבוהה, התקיימו לאחרונה קורסים של אנגלית, עברית ופסיכומטרי עבור אנשים עם מוגבלות בחברה הערבית. קורסים אלו נערכו בשיתוף פעולה עם עמותת מעגלי שמע והשתתפו בהם יותר מ-20 תלמידים. במסגרת אותו פרויקט, קרן מסירה יחד עם האוניברסיטה הפתוחה יזמו קורס "כישורי חיים. השתתפו בקורס שנערך באזור כפר קאסם 14 אנשים עם לקות שמיעה. היוזמים שואפים להעביר את קורס זה לסטודנטים עם מוגבלויות מהאוניברסיטה הפתוחה. מטרת הקורס היא קידום סוגיית שילובם של אנשים עם מוגבלות בשוק העבודה על ידי סיוע בקבלת תואר אקדמי וכן ללוות אותם לאורך שנות הלימודים במוסדות להשכלה גבוהה, וזאת החל משלב תרום-אקדמי. הליווי ימשיך לאחר סיום התואר וההשתלבות בשוק העבודה.
